Hon kommer från uppdraget som generaldirektör för Skolverket och har tidigare bl.a. varit Saco-chef samt statssekreterare och planeringschef i regeringskansliet.
Sedan 2013 har hon varit ordförande i styrelsen för Linköpings universitet.
Anna Ekström är även känd för sitt deltagande i frågeprogrammet På Spåret tillsammans med förre KD-ledaren Göran Hägglund.