Vinnova har, på uppdrag av regeringen, pekat ut sex framtidsområden inom forskning där Sverige ska satsa extra.
– Excellenskluster handlar om att visa att det finns en samlad styrka och spets inom ett område, säger Anita Öst, professor vid Linköpings universitet.
AI öppnar nya dörrar inom epigenetiken
AESPIRE fokuserar på skärningspunkten mellan artificiell intelligens och epigenetik. Ett forskningsfält som studerar hur gener påverkas av miljö, livsstil och sjukdom.
– Det är ett samspel mellan generna och miljön, läser vi av DNA vet vi precis vilken information som finns i en uppsättning gener. Det finns också ett extra lager av information som visar vilka gener som är aktiva eller inte. Om vi tog ett blodprov från dig så skulle det inte gå att avgöra om du röker eller inte röker genom att läsa din DNA. Om man då lägger till epigenetisk analys så kan jag med ganska hög säkerhet se om du röker eller inte röker, förklarar Colum Walsh, projektets huvudsökande och föreståndare för Clinical Genomics i Linköping.
Den här typen av analyser är mycket komplexa och genererar stora datamängder. Här blir AI och maskininlärning avgörande.
– Vi behöver avancerade algoritmer som kan se mönster som tar väldigt lång tid för oss människor att se, eller som vi kanske inte klarar av att se alls, säger Colum Walsh.
Tillämpningar inom vård, forensik och livsstil
Forskarna ser redan flera konkreta tillämpningar. Ett exempel är att med hjälp av epigenetik och AI kunna skilja mellan biologisk och kronologisk ålder.
Andra exempel är snabbare och säkrare diagnostik av tumörer, där epigenetiska analyser kan hjälpa till att avgöra tumörtyp och därmed rätt behandling, samt möjligheten att identifiera tidigare infektioner som covid-19 eller tuberkulos genom epigenetiska spår.
Stark samverkan i Linköpingsregionen
En styrka i AESPIRE är den breda samverka med samlad kompetens från Linköpings universitet, Region Östergötland, Rättsmedicinalverket och tekniska forskningsmiljöer – tillsammans med avancerad AI- och datainfrastruktur.
– Vi har i praktiken redan ett kluster här i Linköping med forskare inom epigenetik, stark AI-kompetens och ett stort intresse från både sjukvård och rättsmedicin. Nu vill vi samla det här i en tydligare struktur, säger Anita Öst.
Forskningskoordinatorer är utsedda vid Medicinska fakulteten, Tekniska fakulteten, Region Östergötland och Rättsmedicinalverket. Den 12 december hölls också den första gemensamma workshopen för att lägga grunden till den fortsatta ansökningsprocessen.
Öppet initiativ med nationella ambitioner
– Tiden är mogen nu. Vi är tillräckligt många, tekniken är redo och kombinationen av AI och epigenetik känns helt rätt, säger Anita Öst.
AESPIRE är också tänkt som ett öppet initiativ.
– Vi vill att fler, både lokalt och nationellt, ska få upp ögonen för det här och höra av sig om de vill vara med. Det här är något vi bygger tillsammans, säger Colum Walsh.
