På avdelningen bedrivs både inomvetenskaplig och tillämpad forskning inom många olika matematiska områden såsom analys, algebra, geometri, topologi, kombinatorik och matematikdidaktik. För den tillämpade matematiken är målen att införa matematiska metoder och teorier i redan befintliga områden inom vetenskap och teknik, samt att utveckla verktyg för att lösa nya problem.
Matematik har en naturlig och viktig plats i många av Linköpings universitets utbildningsprogram, i synnerhet civilingenjörsprogrammen, och avdelningens undervisning består till stor del av grundläggande, såväl som avancerade, kurser i matematik för dessa studenter.
Avdelningen är indelad i två enheter: Analys och didaktik (ANDI) och Algebra, geometri och diskret matematik (ALGD).