Bioinformatik
Vi är enheten för bioinformatik på Core Facility vid Medicinska fakulteten. Vi finns i hus 462, våning 10.
Om våra tjänster
Omfattande bioinformatiska lösningar för olika forskningsbehov.
RNAseq / Transkriptomik
- Bulk-RNA-sekvenseringsanalys
- Single cell-RNA-seq-analys
- Allelspecifikt uttryck
- Uttryck av långa icke-kodande RNA
- Alternativ splicing och fusionsgener
- Detektering av nya transkript
- Mikroarray-dataanalys
Epigenomik
- DNA-metylering Illumina Array Data Analysis - 450K, 850K (EPICv1), 935K (EPICv2)
- Short-read-sekvensering: Bisulfitsekvensering (BS-seq) / Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
- Long-read-sekvensering: DNA-metyleringsdataanalyser för Nanopore och PacBio
- Enzymatisk metyl-sekvensering: DNA-metyleringsdataanalyser från Twist Bioscience
Mikrobiell och viral
- Hela genomet (kort och lång läsning)
- 16S amplikonsekvenseringsanalys
- Helmetagenomanalys
- Pan-genomanalys
- Viral metagenomik
- De-novo-assemblering och annotering
- Mapping och variant-calling
Planering och statistik
- Projektplanering och konsultation
- Pipelineutveckling
- Statistiska beräkningar (R, SPSS)
- Djupgående projektdiskussioner
Funktionell analys
- Ontologi och signalvägar
- Nätverksanalys
- iPathwayGuide (licensierad)
- Interaktionsnätverksanalys
Licensierad programvara
Avancerad analys för GO, biologiska signalvägar, miRNA-analys, sjukdomsnätverk, metaanalys och interaktionsnätverk.
Prissättning och samarbete
Inledande konsultation
Första mötet (upp till 1 timme) är gratis för LiU- och RÖ-forskare.
Boka tjänst
Boka tjänsten på iLab
Långsiktigt projektstöd
Projektdata kan lagras i vårt Nimbus-lager i upp till ett år. För att tillmötesgå publiceringstidslinjer finns utökad lagring på upp till tre år tillgänglig för LiU-forskare, medan externa samarbetspartners stöds i upp till ett år.
Webbapplikationer
Utvecklad av Bioinformatics Core Facility, Linköpings universitet. Lagrad på SciLifeLab serve datacenter.
methylR
En enda Shiny-lösning från sekvenseringsdata till signalvägsanalys. MethylR är ett omfattande verktyg utformat för att effektivisera analysen av metyleringsdata från Illumina metyleringsarrayer, vilket ger en helhetslösning från rå sekvenseringsdata till signalvägsanalys.
olinkwrapper
OlinkWrapper tillhandahåller ett användarvänligt gränssnitt för att utföra snabb analys av Olink-data med hjälp av paketet OlinkAnalyze. Det möjliggör datauppladdning, parameteranpassning, visualisering av resultat och export av analysresultat.
ShinyWGCNA
Denna Shiny-app ger ett användarvänligt gränssnitt för att utföra Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA) på RNA-seq/Mikroarray och DNA-metyleringsdata (Array/Sekvensering).
DataScanR
Verktyg för utforskande dataanalys. Ladda din csv-datafil så hjälper den till att rensa data, rapportera saknade/NA-värden (med paretograf) och utföra olika statistiska analyser som resulterar i tabeller och grafer.
gsalit
gsalit är en användarvänlig Streamlit-applikation som låter forskare köra Illuminas GSA (Global Screening Array) genotypningspipeline utan att manuellt hantera kommandoradsverktyg.
Infrastruktur
Nimbus
Bioinformatik kärnfacilitets primära lagringsserver för forskningsdata vid LiU. Underhålls och stöds av LiU-IT.
- Total lagring: >200TB
- Överföringshastighet: 100 Mbps
- Säkerhetskopiering: Regelbundet
Fraka
Bioinformatik kärnfacilitets beräkningsserver för forskningsdata vid LiU. Underhålls och stöds av LiU-IT.
- RAM: 2 TB
- Processor: 2 x 64 kärnor (256 trådar) Intel Xeon Platinum 8592+ 3.9 GHz
- Nätverk: 25 GBPS
- GPU:er: 3x NVIDIA L40S 48 GB GDDR6
Nautilus
Bioinformatik kärnfacilitets utvecklingsserver för forskningsdata vid LiU.
- CPU: 2x 48 kärnor Intel Xeon Gold
- RAM: 512 GiB DDR4
- GPU:er: 2x dedikerade NVIDIA GPU:er
- Nätverk: 1 GBPS överföring
Kontakta oss
Github-förråd
Clinical Genomics, Sweden
Vi är också del av Clinical Genomics, Sweden, som sammanför bioinformatiker från sju andra universitet i Sverige för att utveckla och integrera nya analytiska, datorbaserade pipelines för stora mängder data.
För mer information: https://www.scilifelab.se/units/clinical-genomics-linkoping/