Fotografi av Malin Larsson

Malin Larsson

Förste forskningsingenjör

Bioinformatiker i National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS).

Jag ger support i bioinformatik till forskare i Sverige som arbetar med storskalig DNA-sekvensering. Det innebär att jag utvecklar algoritmer för att utvinna information från stora mängder DNA-sekvensdata. De flesta av mina projekt handlar om att studera arvsmassan i cancertumörer.

Jag jämför DNA-sekvensen i cancerceller med sekvensen i friska celler från samma person, för att försöka identifiera de mutationer som uppstått i tumörcellerna. På detta sätt kan man öka kunskapen om hur specifika cancersjukdomar utvecklas, vad som sker på DNA-nivå vid återfall i sjukdom och hur man kan förbättra diagnostik och behandling.

Publikationer

2023

Volundur Hafstao, Jari Hakkinen, Malin Larsson, Johan Staaf, Johan Vallon-Christersson, Helena Persson (2023) Improved detection of clinically relevant fusion transcripts in cancer by machine learning classification BMC Genomics, Vol. 24, Artikel 783 (Artikel i tidskrift) Vidare till DOI

2022

Völundur Hafstad, Rolf Sökilde, Jari Häkkinen, Malin Larsson, Johan Vallon-Christersson, Carlos Rovira, Helena Persson (2022) Regulatory networks and 5 partner usage of miRNA host gene fusions in breast cancer International Journal of Cancer, Vol. 151, s. 95-106 (Artikel i tidskrift) Vidare till DOI

2021

Shumaila Sayyab, Anders Lundmark, Malin Larsson, Markus Ringner, Sara Nystedt, Yanara Marincevic-Zuniga, Katja Pokrovskaja Tamm, Jonas Abrahamsson, Linda Fogelstrand, Mats Heyman, Ulrika Norén-Nyström, Gudmar Lönnerholm, Arja Harila-Saari, Eva C. Berglund, Jessica Nordlund, Ann-Christine Syvänen (2021) Mutational patterns and clonal evolution from diagnosis to relapse in pediatric acute lymphoblastic leukemia Scientific Reports, Vol. 11, Artikel 15988 (Artikel i tidskrift) Vidare till DOI
Ravi Kumar Dutta, Malin Larsson, Thomas Arnesen, Anette Heie, Martin Walz, Piero Alesina, Oliver Gimm, Peter Söderkvist (2021) X-chromosome variants are associated with aldosterone producing adenomas Scientific Reports, Vol. 11, Artikel 10562 (Artikel i tidskrift) Vidare till DOI

2020

Maxime Garcia, Szilveszter Juhos, Malin Larsson, Pall I Olason, Marcel Martin, Jesper Eisfeldt, Sebastian DiLorenzo, Johanna Sandgren, Teresita Díaz De Ståhl, Philip Ewels, Valtteri Wirta, Monica Nistér, Max Käller, Björn Nystedt (2020) Sarek: A portable workflow for whole-genome sequencing analysis of germline and somatic variants F1000 Research, Vol. 9 (Artikel i tidskrift) Vidare till DOI