Fotografi av Malin Larsson

Malin Larsson

Förste forskningsingenjör

Bioinformatiker i National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS).

Jag ger support i bioinformatik till forskare i Sverige som arbetar med storskalig DNA-sekvensering. Det innebär att jag utvecklar algoritmer för att utvinna information från stora mängder DNA-sekvensdata. De flesta av mina projekt handlar om att studera arvsmassan i cancertumörer.

Jag jämför DNA-sekvensen i cancerceller med sekvensen i friska celler från samma person, för att försöka identifiera de mutationer som uppstått i tumörcellerna. På detta sätt kan man öka kunskapen om hur specifika cancersjukdomar utvecklas, vad som sker på DNA-nivå vid återfall i sjukdom och hur man kan förbättra diagnostik och behandling.

Publikationer

2023

Volundur Hafstao, Jari Hakkinen, Malin Larsson, Johan Staaf, Johan Vallon-Christersson, Helena Persson (2023) Improved detection of clinically relevant fusion transcripts in cancer by machine learning classification BMC Genomics, Vol. 24, Artikel 783 Vidare till DOI

2022

Völundur Hafstad, Rolf Sökilde, Jari Häkkinen, Malin Larsson, Johan Vallon-Christersson, Carlos Rovira, Helena Persson (2022) Regulatory networks and 5 partner usage of miRNA host gene fusions in breast cancer International Journal of Cancer, Vol. 151, s. 95-106 Vidare till DOI

2021

Shumaila Sayyab, Anders Lundmark, Malin Larsson, Markus Ringner, Sara Nystedt, Yanara Marincevic-Zuniga, Katja Pokrovskaja Tamm, Jonas Abrahamsson, Linda Fogelstrand, Mats Heyman, Ulrika Norén-Nyström, Gudmar Lönnerholm, Arja Harila-Saari, Eva C. Berglund, Jessica Nordlund, Ann-Christine Syvänen (2021) Mutational patterns and clonal evolution from diagnosis to relapse in pediatric acute lymphoblastic leukemia Scientific Reports, Vol. 11, Artikel 15988 Vidare till DOI
Ravi Kumar Dutta, Malin Larsson, Thomas Arnesen, Anette Heie, Martin Walz, Piero Alesina, Oliver Gimm, Peter Söderkvist (2021) X-chromosome variants are associated with aldosterone producing adenomas Scientific Reports, Vol. 11, Artikel 10562 Vidare till DOI

2020

Maxime Garcia, Szilveszter Juhos, Malin Larsson, Pall I Olason, Marcel Martin, Jesper Eisfeldt, Sebastian DiLorenzo, Johanna Sandgren, Teresita Díaz De Ståhl, Philip Ewels, Valtteri Wirta, Monica Nistér, Max Käller, Björn Nystedt (2020) Sarek: A portable workflow for whole-genome sequencing analysis of germline and somatic variants F1000 Research, Vol. 9 Vidare till DOI