Molekylärbiologi

Apparatur för molekylärbiologi finns hos Cellkärnan, på plan 09 i Cellbiologihuset.

Personal finns på plats för att hjälpa till, se "Kontakt" nedan. Upplärningsavgift för externa användare är 600 kronor.

Bokning

Bokning av apparatur görs genom att klicka på länken "Bokningskalender" nedan.

ApparaturVisa/dölj innehåll

Följande apparatur finns att tillgå:

3500 Genetic Analyzer

3500 8-kapillär plattform:

Exempel på applikationer: 
• Sekvensering
• Mikrosatelliter
• MLPATM
• LOH
• SNP
Läs mer på www.appliedbiosystems.com  

WAVE

Transgenomic WAVE Nucleic Acid Fragment Analysis System är ett fullautomatisk HPLC-system, utvecklat för att snabbt kunna utföra analyser som:
• SNP (Single Nucleotide Polymorphism)
• Identifiering av mutationer
• Rening av primer och probe
• DNA rening

Det finns två typer av kolonner: DNASepColumn och DNASepHTColumn (High throughput), där analystiden är 10 min. respektive 4 min.

HPLC kolonnen är känslig för detergent och andra tillsatser som kan finnas i PCR reaktionsbufferten. Det är därför viktigt att följa dessa rekommendationer.

PCR reagens som är kompetiva med WAVE systemet:
AmpliTaq (PE), Taq Gold (PE), Pwo DNA Polymerase (BM), Hot Start Taq (Qiagen), Qiagen Taq DNA Kit, Qiagen Taq PCR Core Kit, Taq Gold (9x), Pfu (1x) (Taq Gold Buffer), Taq DNA Polymerase (Invitrogen, #18038-034), Transgenomic Optimase Polymerase (#703045).
Vi använder 0.2 ml Thermo-Strip (Kebo, #AB-0266).

Använd inte följande enzymer/kit:
Pure Taq "Ready-To-Go" PCR beads (Amersham)

Läs mer på www.transgenomic.com

7500 Fast Real-Time PCR system

Applikationer: Absolut kvantifiering, relativ kvantifiering, alleldiskriminering +/- detektion.

Kapacitet: 96-håls fast PCR-platta.

PCR kan köras i fast läge med fast mastermix på 30-40 min, eller i standard läge med den vanliga mastermixen på ca 2h. Utrustad med 5 emissionsfilter som tar: SYBR® Green I, FAM™, VIC™, JOE™, NED™, TAMRA™, ROX™, Texas Red®, Cy3™, Cy5™.

Läs mer på www.appliedbiosystems.com

Maskinen kan användas fritt efter bokning med självbetjäning.

7900HT Fast Real-Time PCR System

96fast- or 384-well plate compatibility (the TaqMan® Low Density Array). 

Fast PCR option reduces run time to about 35 minutes in a standard 96-well format.

A laser scans and excites the fluorescent dyes in each of the wells. Continuous wavelength detection from 500-660 nm allows the use of multiple fluorophores in a single reaction.

Maskinen kan användas fritt efter bokning med självbetjäning.

GS Junior System - 454 Sequencing

System Workflow

One Fragment = One Bead = One Read
The complete sequencing workflow of the GS FLX and GS Junior System comprise of four main steps, leading from purified DNA to analyzed results. The basiic steps include:
• Generation of a single-stranded template DNA library
• Emulsion-based clonal amplification of the library
• Data generation via sequencing-by-synthesis
• Data analysis using different bioinformatics tools

Sequencing applications

• Aplicon Sequencing: Targeting sequencing of 10¿s - 100¿s of samples and loci
• Sequence Capture: Targeted sequencing of custom array regions
• Whole Genome Sequencning: De novo sequencing and resequencing og microbial organisms (bacteria, fungi, viruses)
• Metagenomics: Characterization of complex environmental samples; pathogen discovery
• Transcriptome Sequencing: Full-length sequencing and de novo assembly of transcripts

MiSeq Benchtop Sequencer from Illumina (NGS)

With MiSeq, you can:

  • Multiplex up to 96 samples per run for greater efficiency.
  • Get accurate bi-directional amplicon sequencing.
  • Generate complete de novo assemblies.
  • Produce 2 x 300 paired-end reads and up to 15 Gb of data in a single run.

För mer information: www.illumina.com/systems/miseq.ilmn

Agilent Bioanalyzer 2100

Varje grupp köper egna kit!

Affymetrix Microarray

Läs mer på www.affymetrix.com

Analysprogrammet Array Assist finns även att boka, se "Bokningskalender".

FUJIFILM imager FLA-5000

Instrumentet användes för att scanna geler, t ex 2D elektroforesgeler. Scanningytan är 40 x 46 cm med en pixelupplösning av 25 µm.

Detekteringsmetoder:

  • Fluoroscence
  • Chemiluminescence
  • Isotoper

Läs mer på www.fujifilm.com

QIAGEN Tissue Lyser

For high-throughput disruption of a wide range of biological samples

• Fast - disruption of up to 48 samples in as little as 2-4 minutes
• Disruption is achieved through the beating and grinding effect of beads
• Cross-contamination-free – closed system prevents tube-to-tube carryover
• Reproducible – highly standardized disruption methods
• Flexible – compatible with different sample types and disruption buffers
• Integrated – part of QIAGEN’s tissue-management system from collection/stabilization to purification

You have to buy your own QIAGEN kits and Beads, suitable for use with the TissueLyser system.

Läs mer på www.qiagen.com

epMotion 5070

epMotion 5070 är en pipetteringsrobot där användare kan skriva egna program för att bereda 96-hålsplattor för PCR. Två pipetter finns tillgängliga, 1-50ul samt 40-1000ul. Spetsar köps in individuellt av varje användare.

Biomek 2000

Biomek 2000 är en pipetteringsrobot för små volymer. Användare kan skriva egna program för roboten. Två åttakanalspipetter finns tillgängliga, 2-20ul samt 5-200ul. Tre singelkanalspipetter finns också, 2-20, 5-200 och 50-1000ul. Roboten kan hantera 96-håls och 384-hålsplattor samt olika provrör. Spetsar köps in individuellt av varje användare.

Quantus Fluorometerquantus

A sensitive single tube fluorometer for fluorescence based quantitation of DNA and RNA.

Fluorescence-based nucleic acid quantification methods are more sensitive than absorbance-based methods, allowing you to quantitate low-level DNA samples accurately.

PyroMark (Klinisk farmakologi, hus 420)

För att köra instrumentet krävs att man genomgår en utbildning. En lista på personer som har behörighet att genomföra utbildningen finns vid instrumentet. Kontaktperson: Ingrid Jakobsen Falk (se "Kontakt").

PyroMark Q96 MD

PyroMark är en realtids sekvenseringsutrustning baserad på pyrosekvensering där 96 prover sekvenseras parallellt. Läslängder omkring 30 - 50 baser från första basen efter sekvenseringsprimer. En klar fördel är att man får ett pyrogram som kvalitetskontroll.

Applikationer:

• SNP
• DNA-metylering
• Sekvensering

Bokning av instrumentet: Bokningslista finns utanför lokalen. Ytterligare info.

KontaktVisa/dölj innehåll

BokningskalenderVisa/dölj innehåll

BrukargruppVisa/dölj innehåll

Taggar Visa/dölj innehåll