Hem
Fotografi av Björn Forsberg

Björn Forsberg

Biträdande universitetslektor

Strutkturell bioinformatik studerar biologi genom data. Vi utvecklar och använder nya metoder för att studera reconstruktioner och data från kryo-elektronmikroskopi för att förstå biologi på molekylär skala. 

Om forskningen

I gruppen använder vi estimat av lokal korrelation i 2D-bilder och 3D-volymer för att upskatta variation i ensemble-data. Vi tillämpar detta direkt på kryo-EM data för att tillskriva det till biologiska mekanismer, och beskriva molekylär biologi bättre än vad som var möjligt tidigare.

V-ATPase färgad efter heterogenitet.
Strukturbiologi hjälper oss att förstå hur livet fungerar på molekylär nivå. Den gör detta genom att visa oss den tredimensionella formen och funktionen hos små biologiska molekylära maskiner som t ex proteiner och DNA. Denna kunskap är avgörande för att förstå hur våra kroppar fungerar och för att skapa nya mediciner. Ett av de viktigaste verktygen inom strukturbiologi kallas kryo-elektronmikroskopi (kryo-EM), och använder kraftfulla datorer för att skapa 3D-modeller av molekyler. Kryo-EM kan nu också se protein innuti celler. Detta innebär att forskare kan studera hur celler fungerar i mycket större detalj, hur proteiner fungerar och hur celler reagerar på t ex virus och bakterier. Detta kan kraftigt förbättra vår förståelse av biologi och hjälpa oss att utveckla bättre läkemedel. För att kryo-EM ska kunna genomföra allt större och mer djuplodade undersökningar behövs dock nya beräkningsverktyg som bättre förstår sig på de stora mängder data som matas in, och kan genomföra snabbare och mer systematiska undersökningar. I förlängningen kan detta skapa ny diagnosmetoder som kan se hur kroppen läker och återbildar efter skador eller icke-genetiska sjukdomar som t ex Alzheimers, som faktiskt redan studeras med hjälp av kryo-EM genom att se hur molekyler fått fel form i vävnad tagen från patienter.

Nyheter

Björn Forsberg

Datadriven Lifescience-forskning växer vid LiU

Björn Forsberg är det senaste tillskottet till SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven Lifescience (DDLS)
Superdatorn Berzelius.

Superdatorn Berzelius uppgraderas till dubbla kapaciteten

Superdatorn Berzelius används för forskning inom bland annat livsvetenskaperna, maskininlärning och AI. Till hösten ska Berzelius uppgraderas, en satsning som möjliggörs av en donation på 125 miljoner kronor från Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse.
illustration av dna, molekyler och läkare med handdator.

KAW stödjer ett program för akademiska ledare inom life science

Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse har beviljat medel till Program for Academic Leaders in Life Science (PALS). Programmet är ett samarbete med flera aktörer och syftet är att bilda ett nätverk för unga gruppledare.

Lediga tjänster

Vi söker aktivt efter nya medarbetare 

Doktorandpositioner

Vi söker en doktorand för att leda utvecklingen av nya metoder för att analysera 3D-rekonstruktioner av biomolekyler sammansatta med hjälp av 2D-elektronmikroskopibilder.

Klicka här för att läsa mer och ansöka.
Deadline: 2a oktober 2024​

Postdoktorer

Cryo-EM-bearbetning utvecklas snabbt för att använda maskininlärning. Vi kommer bidra till ett nytt och modernt ramverk för kryo-EM-bearbetning, i samarbete med ett annat labb.

Klicka här för att läsa mer och ansöka.
Deadline: 30e september 2024​​

Studenter på masternivå

Masterstudenter som är intresserade av biologiska tillämpningar av statistiska modeller, maskininlärning, molekylär struktur, bioinformatik eller mikroskopi uppmuntras att fråga direkt om examensprojekt. Bifoga kort CV och motivering. 

Maila in din intresseanmälan här. 

Publikationer

Utvalda publikationer

Omslag för publikation ''
Björn O. Forsberg, Pranav N. M. Shah, Alister Burt (2023)
A robust normalized local filter to estimate compositional heterogeneity directly from cryo-EM maps

Nature Communications , Vol.14 Vidare till DOI

Omslag för publikation ''
Jasenko Zivanov, Takanori Nakane, Björn O Forsberg, Dari Kimanius, Wim JH Hagen, Erik Lindahl, Sjors HW Scheres (2018)
New tools for automated high-resolution cryo-EM structure determination in RELION-3

eLIFE , Vol.7 Vidare till DOI

Omslag för publikation ''
Dari Kimanius, Björn O Forsberg, Sjors HW Scheres, Erik Lindahl (2016)
Accelerated cryo-EM structure determination with parallelisation using GPUs in RELION-2

eLIFE , Vol.5 Vidare till DOI

Senaste publikationer

2023

Björn O. Forsberg, Pranav N. M. Shah, Alister Burt (2023) A robust normalized local filter to estimate compositional heterogeneity directly from cryo-EM maps Nature Communications, Vol. 14 (Artikel i tidskrift) Vidare till DOI

2022

Bjoern O. Forsberg (2022) The structure and evolutionary diversity of the fungal E3-binding protein bioRxiv (Artikel i tidskrift) Vidare till DOI

2021

Urška Rovšnik, Yuxuan Zhuang, Björn O Forsberg, Marta Carroni, Linnea Yvonnesdotter, Rebecca J Howard, Erik Lindahl (2021) Dynamic closed states of a ligand-gated ion channel captured by cryo-EM and simulations Life Science Alliance, Vol. 4 (Artikel i tidskrift) Vidare till DOI

2020

B. O. Forsberg, S. Aibara, R. J. Howard, N. Mortezaei, E. Lindahl (2020) Arrangement and symmetry of the fungal E3BP-containing core of the pyruvate dehydrogenase complex Nature Communications, Vol. 11 (Artikel i tidskrift) Vidare till DOI

2018

Annemarie Perez Boerema, Shintaro Aibara, Bijoya Paul, Victor Tobiasson, Dari Kimanius, Björn O. Forsberg, Karin Wallden, Erik Lindahl, A. Amunts (2018) Structure of the chloroplast ribosome with chl-RRF and hibernation-promoting factor Nature Plants, Vol. 4, s. 212-217 (Artikel i tidskrift) Vidare till DOI

Organisation

Datorhall på Nationellt Superdatorcentrum, Campus Valla, Linköpings universitet.

Nationellt superdatorcentrum (NSC)

Nationellt Superdatorcentrum (NSC) vid LiU är en av Sveriges ledande leverantörer av högprestandaberäkningar och datalagring. NSC driver och utvecklar storskaliga beräknings- och lagringsresurser.
Campus US med körsbärsblom i förgrunden.

SciLifeLab Linköping

SciLifeLab Linköping, är en lokal och nationell forskningsinfrastruktur, med unika teknologier och expertkompetens tillgänglig för akademiska forskare och industrin inom forskningsfältet livsvetenskaper, hälsa och datadriven life science.

Institutionen för fysik, kemi och biologi (IFM)

Vid Institutionen för fysik, kemi och biologi (IFM) bedrivs forskning och utbildning inom biologi, kemi, materialfysik, tillämpad fysik och teori och modellering.

Taggar