En doktorand som disputerar vid Tema blir doktor i ett av fyra tvärvetenskapliga ämnen - Barn, Genus, Miljövetenskap eller Teknik och social förändring. Huvuddelen av forskarutbildningen genomförs vid respektive avdelning, där doktoranden också har sin huvudhandledare. Gemensamma institutionsövergripande kurser organiseras återkommande. Likaså har doktoranderna ett gemensamt doktorandråd som arena för frågor som rör alla, oavsett vilken avdelning doktoranden tillhör.
Forskarutbildningsstudierektor vid Institutionen är Judith Lind.
