Lösa de humana T-cellernas komplexa epigenetik

DNA-metylering är ett av många epigenetiska system som reglerar genuttrycket i humana celler.

Ett fungerande DNA-metyleringssystem är viktigt för mänskans utveckling och förändras ofta vid sjukdom, särskilt cancer. DNA-metylering innebär att en molekyl, som kallas en metylgrupp, läggs till DNA:t, vilket leder till att genuttrycket blockeras. Exakt hur DNA-metylering reglerar genuttrycksmönstret är fortfarande oklart. Ännu mer oklart är hur DNA-metylering bidrar till komplexa sjukdomar, såsom cancer, där man ofta ser en förändring. Att förstå DNA-metyleringens funktion i människans normala biologi gör det möjligt för oss att förstå dess roll vid sjukdom och utveckla nya läkemedel som riktar sig mot DNA-metylering.

DNA methylation

Min grupp studerar DNA-metyleringsmekanismerna i CD4 + T-celler, en typ av vita blodkroppar, som dirigerar immunsvaret mot yttre hot såsom bakterier och parasiter och inre hot, såsom cancer. För att svara på dessa hot växlar CD4 + T-celler snabbt till en av flera olika celltyper, var och en med specifik men mycket varierande roll i immunsvaret. Under denna process, som kallas differentiering, förändras CD4 + T-cellernas DNA-metyleringsmönster över hela genomet. Hur T-cellerna lyckas med denna bedrift är oklart, men den är viktig för deras funktion.

Lab work, DNA methylation Foto: Staffan Gustavsson/redakta

Med hjälp av toppmoderna genredigeringsmetoder kombinerat med genomanalyser har vi börjat förstå funktionen av DNA-metylering i de humana T-cellerna. Denna information använder vi sedan för att klarlägga varför DNA-metylering är förändrad vid många cancerformer, med fokus på T-cells akut lymfatisk leukemi (T-ALL).
Eftersom så många av de enzymer som kontrollerar DNA-metyleringen kan laddas med läkemedel och nutraceuticals (t.ex. C-vitamin) är vårt yttersta syfte att använda vår kunskap om DNA-metylering till att rekommendera användningen av sådana föreningar vid behandling av T- ALL och andra maligniteter.


Publikationer
Visa/dölj innehåll

Utvalda publikationer

Colm Nestor, Raffaele Ottaviano, James Reddington, Duncan Sproul, Diana Reinhardt, Donncha Dunican, Elad Katz, J Michael Dixon, David J Harrison, Richard R Meehan (2012)

Genome Research , Vol.22 , s.467-477 Vidare till DOI

Colm E Nestor, Raffaele Ottaviano, Diana Reinhardt, Hazel A Cruickshanks, Heidi K Mjoseng, Rhoanne C McPherson, Antonio Lentini, John P Thomson, Donncha S Dunican, Sari Pennings, Stephen M Anderton, Mikael Benson, Richard R Meehan (2015)

Genome Biology , Vol.16 , s.11- Vidare till DOI

Colm Nestor, Antonio Lentini, Cathrine Hägg Nilsson, Danuta Gawel, Mika Gustafsson, Lina Mattson, Hui Wang, Olof Rundquist, Richard R. Meehan, Bernward Klocke, Martin Seifert, Stefanie M. Hauck, Helmut Laumen, Huan Zhang, Mikael Benson (2016)

Cell reports , Vol.16 , s.559-570 Vidare till DOI

Publikationer i DiVA

2019

Danuta Gawel, Jordi Serra-Musach, Sandra Lilja, Jesper Aagesen, Alex Arenas, Bengt Asking, Malin Bengner, Janne Bjorkander, Sophie Biggs, Jan Ernerudh, Henrik Hjortswang, Jan-Erik Karlsson, Mattias Köpsén, Eun Jung Jung Lee, Antonio Lentini, Xinxiu Li, Mattias Magnusson, David Martinez, Andreas Matussek, Colm Nestor, Samuel Schafer, Oliver Seifert, Ceylan Sonmez, Henrik Stjernman, Andreas Tjärnberg, Simon Wu, Karin Åkesson, Alex K. Shalek, Margaretha Stenmarker, Huan Zhang, Mika Gustafsson, Mikael Benson (2019) A validated single-cell-based strategy to identify diagnostic and therapeutic targets in complex diseases Genome Medicine , Vol. 11 Vidare till DOI

Forskning
Visa/dölj innehåll

Utmaningar inom epigenetiken

Ett fel i en av de mest använda metoderna inom epigenetiken, DIP-seq, kan ge missvisande resultat. Hör när jag diskuterar vilken betydelse det har inom forskningsområdet, där "big data" och avancerade metoder för DNA-analys används för att studera stora mängder epigenetikdata.

Nyheter och artiklar
Visa/dölj innehåll

Organisation
Visa/dölj innehåll