Rektor är utsedd av regeringen att leda LiU:s verksamhet. Prorektor utses av universitetsstyrelsen och är rektors ställföreträdare, medan universitetets vicerektorer utses av rektor. Deras uppgift är att ersätta rektor i olika sammanhang. Dessa ingår i universitetsledningen tillsammans med universitetsdirektören som ansvarar för universitetsförvaltningen.
Jan-Ingvar Jönsson, professor i medicinsk cellbiologi, är sedan 1 juli 2020 rektor för Linköpings universitet. Sedan den 1 januari 2022 är Karin Axelsson, professor i informatik, prorektor och tillika ansvarig för utbildning. Per-Olof Brehmer, professor i industriell marknadsföring, är vicerektor för samverkan och campusutveckling och Matts Karlsson, professor i fluidmekanik, är vicerektor för forskning.
Till sitt stöd har rektor också ett ledningsråd, en utbildningsnämnd, ett kvalitetssäkringsråd och ett vetenskapligt råd.
