Rektor är utsedd av regeringen att leda LiU:s verksamhet. Jan-Ingvar Jönsson, professor i medicinsk cellbiologi, är sedan 1 juli 2020 rektor för Linköpings universitet. Margareta Bachrack-Lindström är prorektor, Per-Olof Brehmer vicerektor för forskning och Peter Värbrand är vicerektor för samverkan. Prorektor utses av universitetsstyrelsen och är rektors ställföreträdare, medan vicerektor utses av rektor. I praktiken har prorektor och vicerektor annars liknande roller - deras uppgift är att ersätta rektor i olika sammanhang. Universitetsledningen inkluderar även universitetsdirektören (Kent Waltersson) som ansvarar för medarbetare och administration.
Rektor och universitetsledningen leder verksamheten vid Linköpings universitet.
