Rektor är utsedd av regeringen att leda LiU:s verksamhet. Prorektor utses av universitetsstyrelsen och är rektors ställföreträdare, medan vicerektor utses av rektor. Deras uppgift är att ersätta rektor i olika sammanhang. Universitetsledningen inkluderar även universitetsdirektören samt biträdande universitetsdirektör, som ansvarar för universitetsförvaltningen.
Jan-Ingvar Jönsson, professor i medicinsk cellbiologi, är sedan 1 juli 2020 rektor för Linköpings universitet. Sedan den 1 januari 2022 är Karin Axelsson, professor i information, prorektor och tillika ansvarig för utbildning. Per-Olof Brehmer är vicerektor för samverkan och campusutveckling och Matts Karlsson är vicerektor för forskning.
Universitetsledningen (ULED)
Rektor och universitetsledningen leder LiU:s verksamhet