Rektor är utsedd av regeringen att leda LiU:s verksamhet. Prorektor utses av universitetsstyrelsen och är rektors ställföreträdare, medan universitetets vicerektorer utses av rektor. Deras uppgift är att ersätta rektor i olika sammanhang. Dessa ingår i universitetsledningen tillsammans med universitetsdirektören som ansvarar för universitetsförvaltningen. Biträdande universitetsdirektören är dessutom adjungerad till universitetsledningen.
Jan-Ingvar Jönsson, professor i medicinsk cellbiologi, är sedan 1 juli 2020 rektor för Linköpings universitet. Sedan den 1 januari 2022 är Karin Axelsson, professor i informatik, prorektor och tillika ansvarig för utbildning. Per-Olof Brehmer är vicerektor för samverkan och campusutveckling och Matts Karlsson är vicerektor för forskning.
Till sitt stöd har rektor också ett ledningsråd, en utbildningsnämnd, ett kvalitetssäkringsråd och ett vetenskapligt råd.
