Rektor är utsedd av regeringen att leda LiU:s verksamhet. Jan-Ingvar Jönsson, professor i medicinsk cellbiologi, är sedan 1 juli 2020 rektor för Linköpings universitet. Karin Axelsson är prorektor, Matts Karlsson är vicerektor för forskning, Margareta Bachrack Lindström är vicerektor för utbildning och PO Brehmer är vicerektor för samverkan och campusutveckling. Prorektor utses av universitetsstyrelsen och är rektors ställföreträdare, medan vicerektor utses av rektor. I praktiken har prorektor och vicerektor annars liknande roller - deras uppgift är att ersätta rektor i olika sammanhang. Universitetsledningen inkluderar även universitetsdirektören (Kent Waltersson) som ansvarar för medarbetare och administration.
Rektor och universitetsledningen leder verksamheten vid Linköpings universitet.
