Infrastrukturer

SciLifeLabs teknologier vid LiU

SciLifeLab har lokala verksamheter i Linköping. Vårt mål är att synliggöra dessa och göra dem tillgängliga för lokala- och nationella forskningsintressenter och att förenkla kommunikation mellan SciLifeLab och den lokala forskningsinfrastrukturen i Linköping.

AIDA Data Hub

AIDA Data Hub erbjuder data och tjänster till stöd för den svenska forsknings- och innovationskommuniteten inom medicinsk bilddiagnostisk AI. Syftet är att samla, annotera och dela massiva mängder data för att möjliggöra forskning, innovation, och kliniskt införande av världsledande AI-teknik.

Två män och en kvinna i forskningsmiljö med bilddiagnostik.Caroline Bivik, Claes Lundström och Joel Hedlund på AIDA, vid Linköpings universitet. Foto Ulrik Svedin AIDA Data Hub är en del av den nationella samarbetsarenan Analytic Imaging Diagnostics Arena (AIDA) och av SciLifeLab Bioinformatics Platform (NBIS). AIDA Data Hub leder också utvecklingen av repositorieinfrastrukturen för det europeiska flaggskeppsprojektet Bigpicture. AIDA Data Hub koordineras av Center for Medical Image Science and Visualization (CMIV) vid Linköpings universitet, och finansieras av SciLifeLab.

Personal

Joel Hedlund, datadirektör AIDA

Claes Lundström, föreståndare AIDA

Betül Eren Keskin, forskningsingenjör, datadelning

Caroline Bivik Stadler, AIDA projektledare

Shreyas Shivakumara, forskningsingenjör, systemutvecklare

Chemical Biology Consortium Sweden (CBCS)

CBCS tillhandahåller expertstöd och experimentella resurser inom analysutveckling, beräkningskemi, kemiformatik, screening och utveckling av kemiska bibliotek, medicinsk/syntetisk kemi samt målidentifiering. Dessutom är CBCS värd för SciLifeLab Compound Collection med 350 000 molekyler.

Foto David Einar CBCS arbetar enligt en samarbetsmodell som bygger på ömsesidigt engagemang från vår grupp och den inblandade forskaren.

För mer omfattande projekt implementeras en formell process som initieras av en ansökan för att säkerställa att resurser prioriteras utifrån transparenta kriterier, såsom vetenskaplig excellens, nyhet, teknisk genomförbarhet och relevans. Vår Project Review Committee (PRC) består av CBCS-oberoende experter inom det kemiska biologiska forskningsområdet, inklusive industrirepresentation.

Enheten CBCS Linköping erbjuder tjänster inom två områden: Elektrofysiologi och Screening i biosäkerhetsnivå 2 och 3 miljöer.

Personal

Maria Lerm, professor, Head of Unit

Fredrik Elinder, professor

Nina Ottosson, forskningskoordinator, expert på automated patch clamp

Blanka Andersson, expert inom experimentell mikrobiology med BSL2- och BSL3patogener

Eva Danielson, expert inom IncuCyte analystekniker och AI-driven bildanalys

Clinical Genomics Linköping

Clinical Genomics Linköping är en av sju Clinical Genomics-enheter inom Clinical Genomics SciLifeLab-plattformen. Clinical Genomics etablerades för att underlätta implementeringen av nya high-throughput (HTP) tekniker, såsom nästa generations sekvensering (NGS), till klinisk användning. Denna plattform integrerar teknisk, bioinformatik och klinisk expertis för att underlätta tillämpningen av HTP-genomik i diagnostiken. DNA-helix. Ett viktigt syfte för plattformen är att sprida aktuell information om etablerade analyser och protokoll och därmed fungera som ett nationellt kompetenscentrum för HTP-analys i samarbete med sjukhus och folkhälsoorganisationer. Clinical Genomics-plattformen är grunden för Genomic Medicine Sweden (GMS), med syfte att ge patienter över hela Sverige tillgång till storskaliga genomiska analyser och därigenom förbättra diagnostik och individualiserad behandling.

Clinical Genomics Linköping är organiserad vid medicinska fakulteten och verkar i nära samarbete med den kliniska NGS-plattformen vid Universitetssjukhuset i Linköping som bildar den lokala Genomic Medicine Sweden-noden GMC-sydöst. Clinical Genomics Linköping tillhandahåller ett forskningsnav och infrastruktur för molekylärgenetiska analyser för prekliniska- och kliniska forskare. Tjänsterna är organiserade kring fokusområden såsom cancer, sällsynta sjukdomar, komplexa sjukdomar och mikrobiologi och översätter forskning till den kliniska miljön, samt verkar för implementering i hälso- och sjukvården. 

Personal

Colum Walsh, Platform Scientific Director

Tobias Strid, Head of Unit

Malgorzata Lysiak, Deputy Head of Unit

Jyotirmoy Das, bioinformatiker

Massimiliano Volpe, bioinformatiker

Åsa Schippert, biomedicinsk analytiker

Mouna Tababi, forskningsingenjör

Plattformen för Bioinformatik (NBIS)

National Bioinformatics Infrastructure Sweden, NBIS, är en nationellt utspridd forskningsinfrastruktur. Vi är SciLifeLabs bioinformatikplattform och den svenska noden i Elixir, en europeisk mellanstatlig organisation som samlar lifescience-resurser från hela Europa. Med över hundra anställda arbetar vi med bioinformatikstöd, infrastruktur och utbildning.

NBIS tillhandahåller expertis inom de flesta områden inom bioinformatik, inklusive omicsanalys, genomsammansättning/annotering, bildanalys och biostatistik. Vi erbjuder även stöd i systemutveckling, såsom interaktiva webbplatser och databehandlingspipelines.Kod för bioinformatik. Foto Mopic

NBIS finansieras huvudsakligen av Vetenskapsrådet, SciLifeLab, Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse samt svenska universitet.

NBIS har personal på sex platser: Göteborg, Linköping, Lund, Stockholm, Uppsala och Umeå. I Linköping representeras vi av två bioinformatiker och AIDA datahub. 

Vi erbjuder:

  • Gratis drop-in möten varje vecka online. Här får deltagarna hjälp med studiedesign, dataanalys eller andra frågor inom bioinformatik.
  • Kostnadsfria konsultationsmöten för att diskutera studiedesign.
  • Praktiskt projektstöd som kan innebära allt från hjälp med mindre uppgifter till ett långsiktigt engagemang.
  • Gratis, omfattande projektstöd till en begränsad uppsättning projekt som valts ut i en peer review-process (möjliggörs av ett anslag från Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse).
  • Verktyg, datahantering, systemutveckling och riktlinjer för hantering av data inom livsvetenskaperna.
  • Grundläggande och avancerade utbildningar inom bioinformatik.
  • Ett mentorskapsprogram för doktorander.

Personal

Malin Larsson, förste forskningsingenjör

Claudio Mirabello, förste forskningsingenjör

Nationell infrastruktur för nukleärmagnetisk resonans (NMR)

Det svenska centret för kärnmagnetisk resonans (SwedNMR) ger tillgång till toppmoderna NMR-instrument och metodik. SwedNMR tillhandahåller expertkunskap inom biomolekylär NMR, material-NMR och translationell NMR. Allt tillträde till NMR-utrustningen vid Linköpings universitet görs genom Protein folding and ligand interaction Core Facility (ProLinC).

Service

  • Slow-to-fast protein dynamics characterization (CEST, CPMG relax-disp, R1ρrelax-disp, R1, R2, hetNOE)
  • Assignment of large proteins and interaction mapping w proteins and molecules
  • Intrinsically disordered proteins and their interactions with proteins and small molecules
  • Organic synthesis: analysis and structure evaluation 

Utrustning

  • 500 mHz and 600 Mhz Consoles, Varian INOVA with 4 channels

Isak Johansson-Åkhe, Björn Wallner, Maria Sunnerhagen och Alexandra Ahlner intill NMR-utrustningen.Isak Johansson-Åkhe, Björn Wallner, Maria Sunnerhagen och Alexandra Ahlner intill NMR-utrustningen. Foto Charlotte Perhammar

Personal

Maria Sunnerhagen, professor, Head of unit, direktör

Alexandra Ahlner, PhD, proteinexpert

Xiongyu Wu, PhD, expert på små molekyler

Marcus Bäck, PhD, expert på små molekyler

Nationella infrastrukturer

SciLifeLab Linköping strävar efter att koppla samman LiU med SciLifeLabs nationella infrastrukturer.

Forskningsinfrastrukturer på andra lärosäten

SciLifeLab finns nationellt utbrett vid alla större universitet i Sverige. Alla säten och universitet tillhandahåller unik apparatur och expertkunskap för användare i Sverige och även internationellt. Utvalda faciliteter finns stationerade vid flera universitet, såsom Clinical Genomics och NBIS.

 

SciLifeLab Göteborg

I Göteborg finns SciLifeLab vid Göteborgs universitet och vid Chalmers tekniska högskola, samt har en stark koppling till Sahlgrenska universitetssjukhuset. Här finns åtta av SciLifeLabs tio tekniska plattformar representerade. NBIS har lokalt baserade bioinformatiker och Clinical Genomics Göteborg tillhandahåller sekvenserings- och bioinformatiksupport för kliniska forskare. Avancerad masspektrometri används vid Swedish Metabolomics Centre samt Glykoproteomikenheten.

Vid Göteborgs universitet finns möjlighet att göra avancerad korrelativ ljus- och elektronmikroskopi och screening för Cryo-EM. Svenskt NMR Centrum har spektrometrar för bland annat strukturbiologi, metabolomik och interaktionsstudier. På NMR centrum finns även personal från Chemical Biology Consortium Sweden. Chalmers ansvarar för Data Science Node för DDLS-området Cell- och molekylärbiologi. OligoNova Hub är en enhet för läkemedelsutveckling, med fokus på oligonukleotider.

SciLifeLab Göteborg

 

 

Karta över städer där SciLifeLab finns.Karta över städer där SciLifeLab finns.  

 

SciLifeLab Lund

Vid Lunds universitet, finns fem av SciLifeLabs tio plattformar, med fokus på olika forskningsområden, såsom genomik, strukturbiologi, läkemedelsutveckling och bioinformatik. Vid Clinical Genomics Lund finns experter från Lund universitet och Region Skåne som tillhandahåller translationell next-generation sequencing-baserad service. Vid enheten för Human Antibody Therapeutics finns kunskaper för att stötta forskningsprojekt som utvecklar antikroppar i behandlingssyfte. NBIS har bioinformatiker i Lund som, liksom alla NBIS-bioinformatiker, arbetar i nätverk för full nationell service.

SciLifeLab Lund

SciLifeLab Umeå

I Umeå finns sju SciLifeLab plattformar fördelade över Umeå universitet, Umeå universitetssjukhus samt Sveriges lantbruksuniversitet. Clinical Genomics Umeå har kliniska laboratorier där bland annat ultrakänslig genvariantdetektion kan genomföras och användare kan få support med klinisk tolkning av varianter. Vid Umeå Centre för elektronmikroskopi finns enheten Cryo-EM och Focused Ion-Beam Scanning Electron Microscopy Volume Imaging node. Här finns Swedish Metabolomics Centre, CBCS Umeå som är del av SciLifeLabs infrastruktur för kemisk biologi, lokala bioinformatiker för NBIS samt Swedish NMR Centre. Under 2023 kommer det att finnas ett laboratorium för besökare som behöver förbereda prover på plats.

SciLifeLab Umeå

SciLifeLab Uppsala

Uppsala, med de två universiteten Uppsala universitet och Sveriges lantbruksuniversitet tillhandahåller ett brett utbud av teknologier och experter inom åtta av SciLifeLabs plattformar. Här finns förutom laboratorier en central mötesplats, Navet, placerad mitt i Biomedicinskt centrum. Här kan forskare, enhetsverksamma och besökare mötas i små och stora konstellationer i en inspirerande miljö. Uppsala universitet är ett av de fyra värduniversiteten där SciLifeLab startade.

SciLifeLab Uppsala Navet

SciLifeLab Stockholm Campus Solna

I Stockholm finns tre av de fyra värduniversiteten på SciLifeLab; Karolinska institutet med omfattande verksamhet och laboratorier i alfa- och gamma-byggnaderna på Campus Solna nära Karolinska universitetssjukhuset, Stockholms universitet och Kungliga tekniska högskolan. Närheten till ett stort utbud av faciliteter och kunskap inbjuder till nätverkande mellan vetenskapsområden.

SciLifeLab Stockholm Campus Solna

SciLifeLab i Örebro

I ett samarbete mellan Örebros universitet och Örebros universitetssjukhus finns SciLifeLab-enheten Clinical Genomics Örebro. Klinisk mikrobiologi i Örebro är del i kapacitetsområdet Pandemiförberedande laboratorier.

Clinical genomics Örebro 

Andra infrastrukturer i Linköping

SciLifeLab Linköping är en kommunikationskanal mellan SciLifeLab-forskare och andra forskningsinfrastrukturer och starka centrum vid LiU. SciLifeLab Linköping strävar efter att koppla samman lokala forskare med viktiga nationella infrastrukturer.

Små provrör

Biobanksfaciliteten (BBF)

BBF är ett samarbete mellan Medicinska fakulteten och Region Östergötland. Målet är att organisera hanteringen, säkerställa och garantera kvaliteten av biobanksprov med tillhörande information i syfte att stärka forskning och utveckling.

Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV

Centrum för medicinsk bildvetenskap och visualisering, CMIV  bedriver tvärvetenskaplig forskning inom gränsområdet medicin/biologi och teknik för att lösa morgondagens kliniska frågeställningar.

Hand sträcker sig mot vårdsymboler.

Centrum för utvärdering av medicinsk teknologi

Inom Centrum för utvärdering av medicinsk teknologi (CMT) bedrivs metodutveckling, kunskapsspridning och utvärdering av metoder och procedurer inom hälso- och sjukvård.

Cytof på Core Facility

Core Facility (COREF)

Core Facility vid Medicinska fakulteten består av flera enheter som tillhandahåller avancerad utrusning samt kvalificerade personella resurser.

Rådgivningsbild.

Forum Östergötland (FO)

Forum Östergötland är en stödenhet för klinisk och translationell forskning vid Linköpings universitet och Region Östergötland. Vi är en del av den regionala noden Forum Sydost som ingår i det nationella samarbetet Kliniska Studier Sverige.

Datorhall på Nationellt Superdatorcentrum, Campus Valla, Linköpings universitet.

Nationellt superdatorcentrum (NSC)

Nationellt Superdatorcentrum (NSC) vid LiU är en av Sveriges ledande leverantörer av högprestandaberäkningar och datalagring. NSC driver och utvecklar storskaliga beräknings- och lagringsresurser.

forskare i ett ProLinC-labb

ProLinC

ProLinC (PROtein folding and Ligand INteraction Core facility) vid Linköpings universitet.