Forskningen vid CMT är uppdelad i två fält: Hälsoekonomiska utvärderingar och Hälso- och sjukvårdens beslutsfattande. Exempel på områden som särskilt belyses inom dessa fält är spridningsförlopp, ekonomisk utvärdering av läkemedel, tandvård och medicintekniska produkter, preventionsprogram, organisationsförändringar samt rehabiliteringsprogram för funktionshindrade.
Forskning och metodutveckling finansieras vanligen av forskningsråd nationellt och internationellt. Projekt sker även på uppdrag av sjukvårdshuvudmän, stat och kommuner, samt läkemedels- och medicinteknisk industri. Det kan då exempelvis handla om utvärderingar som ytterst syftar till att ge underlag för planering av sjukvården, från nationella policybeslut till kliniknivå. Centrumet samarbetar även med nationella organ som till exempel Socialstyrelsen och Statens Beredning för Medicinsk Utvärdering (SBU).
Uppdragsutbildningar gentemot hälso- och sjukvårdens professioner och dess administrativa ledningar är en del i verksamheten. Medarbetare från centrumet har även ett grund- och forskarutbildningsengagemang.
Verksamheten startade 1984 och ingick från 2007 i Avdelningen för hälso- och sjukvårdsanalys vid Institutionen för medicin och hälsa (IMH). Efter institutionsombildningen 1 januari 2020 ingår verksamheten i Enheten för hälso- och sjukvårdsanalys vid Institutionen för hälsa, medicin och vård (HMV).
Inom Centrum för utvärdering av medicinsk teknologi (CMT) bedrivs metodutveckling, kunskapsspridning och utvärderingar av metoder och procedurer inom hälso- och sjukvård. Fokus ligger på medicinska, sociala, ekonomiska och etiska konsekvenser.