Efter doktorsexamen, rekryterades Magnus Berggren till Bell Laboratories, NJ, USA, som postdoktor, där hans forskning fokuserades på att utveckla organiska material och resonator-strukturer för lasrar. Under 1997 startade han tillsammans med Opticom ASA och kollegor från Linköpings universitet företaget Thin Film Electronics AB. Som bolagets första VD initierade han utvecklingen av tryckta minnen baserade på ferroelektriska plaster.
Efter detta, under 1999, flyttade han till Acreo Swedish ICT samt till en deltidstjänst vid LiU för att forska fram en ny teknologi för tryckta elektroniska kretsar på papper, projekt som har finansierats av svensk förpacknings- och pappersindustri.
Sedan 2002 är han professor i Organisk Elektronik och numera också föreståndare för Laboratoriet för Organisk Elektronik (LOE).
Magnus Berggren är en av pionjärerna bakom områdena Organisk Bioelektronik och Elektronik i Växter samt idag föreståndare för det strategiska forskningsområdet (SFO) Advanced Functional Materials (AFM) vid LiU. 2012 valdes Magnus in i Kungliga Vetenskapsakademien och 2014 erhöll han Marcus Wallenbergpriset för sina framsteg inom papperselektronik.
