Forskningen i historia präglas av både bredd och djup. Här finns forskning om ämnen från medeltid till nutid, med så vitt skilda inriktningar som kulturhistoria, hälsohistoria, muntlig historia, historiedidaktik, barns historia, genushistoria, historisk demografi, kyrkohistoria, historiebruk och kulturarv. Historieforskningen vid Linköpings universitet har genom åren utmärkt sig med flera större projekt och tematiska forskningssatsningar.
Det första nationella historikermötet hölls i Linköping 1999. Därutöver har historieforskare vid universitetet tagit initiativ till ett stort antal internationella och nationella historievetenskapliga konferenser och workshops.
Historieforskningen vid Linköpings universitet bedrivs vid flera institutioner. Ett historiskt forskarseminarium och forskarutbildning i historia finns på avdelningen för historia vid ISAK. Därutöver bedrivs historisk forskning i många tvärvetenskapliga forskningsmiljöer, inte minst vid Tema Barn samt vid Centrum för lokalhistoria.